Η Διεύθυνση Ναυτικής Εργασίας μεριμνά για τον καθορισμό των ναυτικών ειδικοτήτων, των επιπέδων στελέχωσης πλοίων, της ιεραρχίας και καθηκόντων του προσωπικού των πλοίων, τον πειθαρχικό έλεγχο των ναυτικών, την έκδοση πιστοποιητικών θαλάσσιας υπηρεσίας καθώς και την τήρηση Μητρώων Ναυτικών μέσω των ακόλουθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Στελέχωσης Πλοίων
β) Τμήμα Εργασιακών Σχέσεων
γ) Τμήμα Πειθαρχικού Ελέγχου Ναυτικών
δ) Τμήμα Αναγνώρισης Θαλάσσιας Υπηρεσίας