Ο Κλάδος Ναυτιλίας μεριμνά για το σχεδιασμό της ναυτιλιακής πολιτικής και το χειρισμό θεμάτων ποντοπόρου ναυτιλίας, ιδίως για την προσέλκυση πλοίων στο ελληνικό νηολόγιο, την εγκατάσταση, σύσταση και λειτουργία ναυτιλιακών εταιρειών, το συντονισμό των θεμάτων σε εθνικό επίπεδο της Ολοκληρωμένης Θαλάσσιας Πολιτικής της Ε.Ε., την εξασφάλιση ασφάλειας της ναυσιπλοΐας, τη δημιουργία, λειτουργία και υποστήριξη συστημάτων παρακολούθησης της θαλάσσιας κυκλοφορίας στους χώρους ευθύνης του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ., τη λήψη προληπτικών και κατασταλτικών μέτρων για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος και την εξασφάλιση δικτύου θαλάσσιων ενδομεταφόρων.
Διευθυντής Κλάδου Β' Υποναύαρχος Λ.Σ. ΛΑΓΚΑΔΙΑΝΟΣ Νικόλαος
Προς επίτευξη των στόχων αυτών, ο Κλάδος κατευθύνει και ελέγχει το έργο των υπαγόμενων σε αυτόν οργανικών μονάδων και περιλαμβάνει τις εξής Διευθύνσεις:
α. Διεύθυνση Ποντοπόρου Ναυτιλίας
β. Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας
γ. Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών
δ. Διεύθυνση Ναυτικής Εργασίας