Η Διεύθυνση Ποντοπόρου Ναυτιλίας υποστηρίζει την ποιοτική και ποσοτική ανάπτυξη της ελληνικής εμπορικής ναυτιλίας και κυρίως την προσέλκυση πλοίων στο ελληνικό νηολόγιο, μεριμνά για την παροχή προστασίας των ελληνικών πλοίων στην αλλοδαπή, το συντονισμό των ενεργειών για την εισήγηση και την υποστήριξη της ναυτιλιακής πολιτικής σε ενωσιακό και διεθνές επίπεδο, πλην θεμάτων Συμβουλίου Δικαιοσύνης και Εσωτερικών Υποθέσεων Ε.Ε., και παρακολουθεί την εφαρμογή ειδικών μέτρων αναφορικά με τη σύσταση ίδρυση και εγκατάσταση ημεδαπών και αλλοδαπών ναυτιλιακών εταιρειών, μέσω των ακόλουθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Ναυτιλιακής Πολιτικής
β) Τμήμα Ναυτιλιακών Εταιρειών
γ)Τμήμα Διεθνών Οργανισμών και Ευρωπαϊκής Ένωσης
δ) Τμήμα Μητρώων Πλοίων