Η Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών μεριμνά για την ανάπτυξη και εφαρμογή συστημάτωνν εκπαίδευσης, μετεκπαίδευσης και επιμόρφωσης ναυτικών, για την εύρυθμη λειτουργία των αντίστοιχων δημόσιων και ιδιωτικών σχολών και για το σχεδιασμό και την εφαρμογή μέτρων που αποσκοπούν στην προσέλκυση και την εισαγωγή νέων στο ναυτικό επάγγελμα καθώς και την έκδοση πιστοποιητικών θαλάσσιας υπηρεσίας, μέσω των ακόλυθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Κανονισμών και Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων
β) Τμήμα Οργάνωσης και Λειτουργίας Σχολών Εμπορικού Ναυτικού
γ) Τμήμα Επιμόρφωσης και Μετεκπαίδευσης Ναυτικών
δ) Τμήμα Αποδεικτικών Ναυτικής Ικανότητας