Η Διεύθυνση Θαλασσίων Συγκοινωνιών μεριμνά για τη διαχείριση του ακτπλοϊκού δικτύου, τον καθορισμό ναυλολογίου επιβατών και οχημάτων, την διαμόρφωση του θεσμικού πλαισίου των θαλασσίων ενδομεταφορών και την εναρμόνισή του με το ενωσιακό δίκαιο, μέσω των ακόλουθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Διαχείρισης Ακτοπλοϊκού Δικτύου
β) Τμήμα Συμβάσεων Ανάθεσης Δημόσιας Υπηρεσίας και Ναυλολογίου
γ) Τμήμα Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Θαλασσίων Συγκοινωνιών