Η Διεύθυνση Κανονισμών και Ελέγχου Οργανισμών είναι αρμόδια για θέματα που αφορούν στον έλεγχο του έργου των Νηογνωμόνων στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων επιθεωρήσεων και ελέγχων πλοίων που διενεργούν, οι οποίες εμπίπτουν στο πεδίο εξουσιοδότησής τους από το Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, για τη διενέργεια εκτάκτων επιθεωρήσεων σε πλοία υπό ελληνική σημαία, για τη διαχείριση θεμάτων εκπαίδευσης των επιθεωρητών του Κ.Ε.Π., για τη διαχείριση θεμάτων επιβολής διοικητικών κυρώσεων και για την εν γένει παροχή διοικητικής υποστήριξης στον Κ.Ε.Π.
Η Δ.Κ.Ε.Ο. ασκεί τις αρμοδιότητες της μέσω των ακόλουθων Τμημάτων:
α) Τμήμα Ελέγχου Αναγνωρισμένων Οργανισμών
β) Τμήμα Παρακολούθησης Νομοθεσίας και Κυρώσεων
γ) Τμήμα Διαχείρισης Ποιότητας και Εκπαίδευσης Επιθεωρητών.
γ) Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης.