Η Διεύθυνση Επιχειρησιακών Μέσων μεριμνά για την επιχειρησιακή οργάνωση, λειτουργία, ετοιμότητα, εξοπλισμό και για την παροχή τεχνικής υποστήριξης στα πλωτά και χερσαία μέσα του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. και εποπτεύει την Υπηρεσία Εναερίων Μέσων (ΥΕΜ/ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ.), την Υπηρεσία Συνδέσμων-Διασωστών και τη λειτουργία των Επισκευαστικών Βάσεων, μέσω των ακόλουθων τμημάτων της:
α) Τμήμα Πλοίων-Σκαφών
β) Τμήμα Χερσαίων Μέσων
γ) Τμήμα Εναέριων Μέσων και Συνδέσμων Διασωστών
δ) Τμήμα Επισκευαστικών Βάσεων