Η Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας προγραμματίζει, σχεδιάζει, συντονίζει και παρακολουθεί την άσκηση των καθηκόντων αστυνόμευσης, τροχονομίας και τάκης από τις Λιμενικές Αρχές, εκδίδει Κανονισμούς Λιμένων, εποπτεύει, συντονίζει και παρακολουθεί το συναφές έργο των Λιμενικών Αρχών, μέσω των ακόλουθων τμημάτων:
α) Τμήμα Διοικητικής Αστυνόμευσης
β) Τμήμα Μέτρων Αστυνόμευσης και Τάξης
γ) Τμήμα Νομοθεσίας και Κανονισμών Λιμένων