Η αποστολή των Κλιμακίων συνίσταται σε:
- εφαρμογή προληπτικών μέτρων για την αποτροπή σοβαρών απειλών κατά της ασφάλειας της ναυσιπλοΐας από παράνομες πράξεις και καταστολή των παράνομων πράξεων στη θάλασσα.
- επιχειρήσεις προστασίας ατόμων, πλοίων, κτιρίων και εγκαταστάσεων.
- μέτρα ασφάλειας σε εκδηλώσεις και τελετές.
- προστασία κρουαζιερόπλοιων και επιβατηγών-οχηματαγωγών πλοίων καθώς και των επιβαινόντων.
- αποτροπή εισόδου και εξόδου από πλοία και οχήματα λαθρομεταναστών, καταζητούμενων και παράνομων
- επιχειρήσεις δίωξης ναρκωτικών, αρχαιοκαπηλίας, λαθρομετανάστευσης, διακίνησης παράνομων ειδών και λαθρεμπορίου.
- χρηματαποστολές.
- επιχειρήσεις πρόληψης και καταστολής του ειδικού ή οργανωμένου εγκλήματος.
- συλλήψεις, συνοδεία και μεταγωγές ατόμων επικίνδυνων για τη δημόσια ασφάλεια.
- εξουδετέρωση εκρηκτικών μηχανισμών και αντιμετώπιση βομβιστικών απειλών και ενεργειών καθώς και αντιμετώπιση απειλών με χρήση ραδιολογικών, βιολογικών, χημικών και πυρηνικών (Ρ.Β.Χ.Π.) ουσιών.
- παροχή συνδρομή σε προανακριτικές, διοικητικές, εισαγγελικές και δικαστικές Αρχές
- παροχή συνδρομής στα περιπολικά σκάφη του Λιμενικού Σώματος - Ελληνικής Ακτοφυλακής
Σύμφωνα με το Ν. 4676/2020 (αρθρ. 85 ΦΕΚ 67 Α'/19-03-2020) έγινε σύσταση Ειδικής Ομάδας Επιχειρήσεων Πειραιά (Ε.Ο.Ε.Π.) στο Κλιμάκιο Ειδικών Αποστολών του Κεντρικού Λιμεναρχείου Πειραιά με αρμοδιότητα την αντιμετώπιση ειδικών εγκλημάτων και επιχειρήσεων υψηλού κινδύνου.