Η Διεύθυνση Ελέγχου Αλιείας εποπτεύει, συντονίζει και παρακολουθεί το έργο των Λιμενικών Αρχών όσον αφορά την εφαρμογή και τήρηση της αλιευτικής νομοθεσίας και την προστασία των αλιευτικών πόρων, μέσω των ακόλουθων Τμημάτων:
α) Τμήμα Ελέγχου Αλιευτικών δραστηριοτήτων
β) Τμήμα Εφαρμογών Ελέγχου Αλιείας και Παρακολούθησης Αλιευτικών Σκαφών
γ) Τμήμα Διεθνούς Συνεργασίας