Η Διεύθυνση Ασφάλειας και Προστασίας Θαλασσίων Συνόρων, δια της αναζήτησης, συλλογής, ανάλυσης και ανταλλαγής πληροφοριών και δια της αστυνομικής συνεργασίας σε θέματα δημόσιας, κρατικής ασφάλειας και εθνικού ενδιαφέροντος γενικότερα, μεριμνά για την αντιμετώπιση του εγκλήματος, ιδίως του οργανωμένου, της παραβατικότητας και πράξεων βίας και τρομοκρατίας στους χώρους ευθύνης του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. Είναι αρμόδια για τον έλεγχο της τήρησης των διατάξεων που αφορούν τη διακίνηση, παραμονή και εργασία αλλοδαπών στη χώρα και ιδίως την αντιμετώπιση της παράνομης μετανάστευσης. Μεριμνά για τον εφοδιασμό της με κατάλληλα μέσα και υλικοτεχνικό εξοπλισμό για την εκπλήρωση της αποστολής της. Συντονίζει, υποστηρίζει και εποπτεύει το έργο των Περιφερειακών Υπηρεσιών Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ., κατά τη διερεύνηση υποθέσεων αρμοδιότητας της Διεύθυνσης, μέσω των ακόλουθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Δημόσιας Ασφάλειας
β) Τμήμα Κρατικής Ασφάλειας
γ) Τμήμα Προστασίας Θαλασσίων Συνόρων
δ) Τμήμα Επιχειρησιακής και Στρατηγικής Ανάλυσης