Οι πόροι του Τ.Α.Λ.Σ. προέρχονται αποκλειστικά από τις εισφορές των μετόχων καθώς επίσης και από τους τόκους και εν γένει προσόδους των κεφαλαίων και των περιουσιακών στοιχείων του Ταμείου και από τυχόν δωρεές, κληρονομιές και όμοιες χαριστικής αιτίας παροχές.
Εξάλλου, η εξουσιοδοτική διάταξη του ν. 2066/1952 (άρθρο 27), δυνάμει της οποίας ιδρύθηκε το Τ.Α.Α.Υ.Λ.Σ. (μετέπειτα Τ.Α.Λ.Σ.) ορίζει ρητά ότι το Ταμείο λειτουργεί άνευ κοινωνικής επιβάρυνσης.
Οι εισφορές των μετόχων προέρχονται από:
- Κρατήσεις ποσοστού 4,42% επί των μηνιαίων αποδοχών που καταβάλλονται στους μετόχους και στις οποίες περιλαμβάνονται:
α) o βασικός μισθός και
β) το επίδομα ιδιαιτέρων συνθηκών. - Κράτηση 5% επί της καταβαλλόμενης αποζημίωσης για εργασία πέραν του πενθημέρου και κατά τις νυχτερινές ώρες.
- Κράτηση ολόκληρης της διαφοράς για τρεις μήνες λόγω προσαύξησης του μισθού των μετόχων από βαθμολογική ή μισθολογική προαγωγή.
- Κράτηση του πρώτου μισθού των Αξιωματικών, Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, καταβαλλόμενη εντός διετίας σε 24 μηνιαίας δόσεις.
- Κράτηση επί της καταβαλλόμενης υπό οποιαδήποτε μορφή αποζημίωσης ή πρόσθετης απολαβής των υπηρετούντων και μεταβαινόντων στο εξωτερικό για εκτέλεση υπηρεσίας ή για εκπαίδευση ως ακολούθως:
α) Ποσοστό 10% για τους υπηρετούντες στις Έδρες Ναυτιλιακών Ακολούθων, τους εκπαιδευόμενους ή υπηρετούντες περισσότερο από 30 ημέρες σε οποιαδήποτε αποστολή στο εξωτερικό.
β) Ποσοστό 4% για τους μεταβαίνοντες στο εξωτερικό προς εκτέλεση υπηρεσίας για διάστημα μέχρι και 30 ημερών