Οι Περιφερειακές Διοικήσεις ΛΣ-ΕΛΑΚΤ (ΠΕ.ΔΙ.ΛΣ) είναι οι εξής:
α) 1η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα τον Πειραιά και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στην Περιφέρεια Αττικής, πλην της νήσου Κυθήρων, καθώς και στην Περιφερειακή Ενότητα Κορινθίας
β) 2η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα την Καβάλα και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Έβρου, Ροδόπης, Ξάνθης, Σερρών, Καβάλας, Θάσου, Θεσσαλονίκης, Χαλκιδικής, Ημαθίας και Πιερίας.
γ) 3η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα την Ηγουμενίτσα και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Ζακύνθου, Κεφαλληνίας, Ιθάκης, Λευκάδας, Κέρκυρας, Αιτωλοακαρνανίας επί των ακτών της βορείως της άκρας Πετηνάρι, Άρτας, Πρέβεζας και Θεσπρωτίας.
δ) 4η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα το Βόλο και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Λάρισας, Μαγνησίας, Σποράδων, Φθιώτιδας, βόρειας Βοιωτίας και Εύβοιας.
ε) 5η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ - ΕΛ ΑΚΤ με έδρα την Πάτρα και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Αιτολωακαρνανίας επί των ακτών της νοτίως της άκρας Πετηνάρι, Αχαϊας, Ηλείας, Αργολίδας, Αρκαδίας, Λακωνίας, Μεσσηνίας, Φωκίδας, νότιας Βοιωτίας επί των ακτών του Κορινθιακού Κόλπου καθώς και η νήσος Κύθηρα της Περιφέρειας Αττικής.
στ) 6η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα τη Σύρο και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Άνδρου, Κέας-Κύθνου, Μήλου, Θήρας, Τήνου, Μυκόνου, Σύρου, Πάρου και Νάξου.
ζ) 7η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ - ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα το Ηράκλειο και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Χανίων, Ρεθύμνης, Ηρακλείου και Λασιθίου.
η) 8η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ - ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα τη Ρόδο και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Καλύμνου, Καρπάθου, Κω και Ρόδου.
θ) 9η Περιφερειακή Διοίκηση ΛΣ - ΕΛ.ΑΚΤ με έδρα τη Μυτιλήνη και περιοχή δικαιοδοσίας αυτήν των Λιμενικών Αρχών που λειτουργούν στις Περιφερειακές Ενότητες Λέσβου, Λήμνου, Χίου, Σάμου και Ικαρίας.
