Η Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών (ΓΔΟΥ) του ΥΝΑΝΠ έχει ως σκοπό την ενιαία οικονομική διαχείριση και τον έλεγχο των οικονομικών υποθέσεων και λειτουργιών του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και των εποπτευομένων Φορέων και ειδικότερα τον σχεδιασμό, συντονισμό, διαχείριση και εποπτεία όλων των θεμάτων που άπτονται της οικονομικής λειτουργίας του Υπουργείου συμπεριλαμβανομένης και της οικονομικής παρακολούθησης των εποπτευομένων Φορέων γενικής κυβέρνησης, σύμφωνα με τις αρχές και τους κανόνες της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης και ευθύνης.
Ο Αρχηγός ΛΣ-ΕΛΑΚΤ προγραμματίζει, κατευθύνει, παρακολουθεί και ελέγχει τη δράση και της ΓΔΟΥ για θέματα που σχετίζονται με την αποστολή του ΛΣ-ΕΛΑΚΤ.
Γενικός Διευθυντής Διεύθυνσης Οικονομικών Υπηρεσιών Υποναύαρχος Λ.Σ. ΚΑΝΑΚΗΣ Χρήστος