Ο Μιλτιάδης Χρηστοφής ανέλαβε καθήκοντα Διευθυντή Εμπορικού Ναυτικού δύο φορές, κατά την πρώτη φάση ανάπτυξης του Λιμενικού Σώματος, τις ακόλουθες περιόδους:
-από 28 Μαρτίου 1933 μέχρι 16 Ιουνίου 1934
-από 02 Μαρτίου 1935 μέχρι 16 Απριλίου 1936
Στην δέυτερη φάση (1941 - 1971), το Λιμενικό Σώμα όρισε τη θέση του Γενικού Διευθυντή Εμπορικού Ναυτικού. Υπήρξε ο πρώτος Γενικός Διευθυντής και τοποθετήθηκε στη θέση αυτή δύο φορές :
- στις 26 Μαϊου 1941 μέχρι 24 Νοεμβρίου 1941 και
-στις 26 Οκτωβρίου 1944 μέχρι 12 Μαρτίου 1945 (Ήταν ο πρώτος Γενικός Διευθυντής Εμπορικού Ναυτικού μετά την απελευθέρωση της χώρας από τους Γερμανούς).