Η Διεύθυνση Θαλασσίων Συγκοινωνιών μεριμνά για τηδιαχείριση του ακτοπλοϊκού δικτύου, τον καθορισμό ναυλολογίου επιβατών και οχημάτων, τη διαμόρφωση του θεσμικού πλαισίου των θαλασσίων ενδομεταφορών και την εναρμόνιση του με το ενωσιακό δίκαιο.
Με σκοπό τη διασφάλιση της εδαφικής συνοχής της χώρας και την παροχή ποιοτικών ακτοπλοϊκών υπηρεσιών, η Διεύθυνση Θαλασσίων Συγκοινωνιών έχει ως αντικείμενο:
α)την παρακολούθηση και διεκπεραίωση της διαδικασίας αποδοχής των δηλώσεων της ετήσιας τακτικής ή εκπρόθεσμης δρομολόγησης των πλοίων που υποβάλλονται από τις πλοιοκτήτριες εταιρείες,
β)την εισαγωγή των θεμάτων στο Συμβούλιο Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών (Σ.Α.Σ.) και την παρακολούθηση της λειτουργίας του,
γ)το χειρισμό θεμάτων σχετικών με την κανονική εκτέλεση των δρομολογίων και η αντιμετώπιση έκτακτων συγκοινωνιακών αναγκών,
δ)τον έλεγχο της εφαρμογής της νομοθεσίας που ισχύει στις θαλάσσιες μεταφορές εμπορευμάτων εσωτερικού,
ε)τη διεκπεραίωση της διαδικασίας προκήρυξης διαγωνισμών για την εξυπηρέτηση δρομολογιακών γραμμών με σύμβαση ανάθεσης δημόσιας υπηρεσίας, στις περιπτώσεις όπου δεν επαρκεί η ελεύθερη επιχειρηματική πρωτοβουλία,
στ)τη διεκπεραίωση της διαδικασίας μίσθωσης των συμβάσεων ανάθεσης δημόσιας υπηρεσίας, την παρακολούθηση υλοποίησης των συμβάσεων ανάθεσης δημόσιας υπηρεσίας και την εισήγηση επιβολής κυρώσεων για αθετήσεις συμβατικών υποχρεώσεων,
ζ)τον καθορισμό νέου ή την αναμόρφωση του υφιστάμενου ναυλολογίου επιβατών, οχημάτων και εμπορευμάτων και την έκδοση των σχετικών αποφάσεων,
η)την έκδοση αποφάσεων απαλλαγών ή εκπτώσεων ναύλου για ορισμένες κατηγορίες ατόμων,
θ)τη μελέτη και εισήγηση των αναγκαίων μέτρων για την οργάνωση και ανάπτυξη του ακτοπλοϊκού δικτύου της χώρας,
ι)την επεξεργασία και εισήγηση για την αναμόρφωση του θεσμικού πλαισίου των ακτοπλοϊκών συγκοινωνιών και η εναρμόνιση του με το ενωσιακό δίκαιο και
ια)την τοποθέτηση ιατρών σε Ε/Γ-Ο/Γ πλοία.