O Ειδικός Λογαριασμός «Γαλάζιο Ταμείο» συστάθηκε με το άρθρο 3 (παρ. 3) του Ν. 2242/94 (Α’ 162). Τα έσοδα του προέρχονται από τα πρόστιμα που επιβάλλονται για παραβάσεις των διατάξεων «περί προστασίας του θαλασσίου περιβάλλοντος» [Ν.743/77 (Α’319)] που κωδικοποιήθηκε και με το Π.Δ 55/98 (Α’ 58), Ν 314/76 (Α’ 106), Ν.855/78 (Α’235), Ν.1147/81 (Α’ 110), Ν.1269/82 (Α’ 89), Ν.1634/86 (Α’ 104), Ν.1638/86 (Α’ 108), «περί αιγιαλού και παραλίας» [Ν.2344/1940 (Α’ 154)], από πρόστιμα ή από το τίμημα της εκποίησης ναυαγίου ή πλοίου ή από κατάπτωση των εγγυήσεων [Ν.2881/2001 (Α’ 16)], από καταλογισμούς των δαπανών που προβαίνει το Δημόσιο για την αποτροπή και εξουδετέρωση ρυπάνσεων, και περιέρχονται στο ΕΙΔΙΚΟ ΤΑΜΕΙΟ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΩΝ ΚΑΙ ΠΟΛΕΟΔΟΜΙΚΩΝ ΣΧΕΔΙΩΝ (Ε.Τ.Ε.Ρ.Π.Σ.), το οποίο είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου και εποπτεύεται από το ΥΠΕΚΑ (πρώην ΥΠΕΧΩΔΕ).
Τα έσοδα του λογαριασμού «Γαλάζιο Ταμείο» διατίθενται αποκλειστικά για την πρόληψη και την καταπολέμηση ρύπανσης της θάλασσας.
Σύμφωνα με τον Νόμο 3889/2010 (Α΄ 182) «Χρηματοδότηση Περιβαλλοντικών Παρεμβάσεων, Πράσινο Ταμείο, Κύρωση Δασικών Χαρτών και άλλες διατάξεις», το ΕΤΕΡΠΣ μετονομάστηκε σε «Πράσινο Ταμείο». Στο «Πράσινο Ταμείο» περιέρχονται, μεταξύ άλλων, όλοι οι πόροι υπέρ του ΕΤΕΡΠΣ που προβλέπονται στο Ν. 2242/94 (162 Α’) καθώς και κάθε άλλο τέλος, φόρος, δασμός, εισφορά, έσοδα ή πόροι που έχουν θεσμοθετηθεί εν όλω ή εν μέρει υπέρ του ΕΤΕΡΠΣ. Το «Πράσινο Ταμείο» παίρνει τη θέση του Ειδικού Ταμείου Εφαρμογής Ρυθμιστικών και Πολεοδομικών Σχεδίων (ΕΤΕΡΠΣ) με την προσθήκη του Ειδικού Φορέα Δασών και του Γαλάζιου Ταμείου, ενώ στο «Πράσινο Ταμείο» ενοποιούνται διαχειριστικά, οικονομοτεχνικά και λειτουργικά οι πόροι από διάφορους κωδικούς εσόδων, όπως το πρώην Πράσινο Ταμείο (περιβαλλοντικές παραβάσεις), το Γαλάζιο Ταμείο (παραβάσεις στην θάλασσα), κ.α.
Η αξιοποίηση από το Πράσινο Ταμείο των «πράσινων πόρων» γίνεται μέσω Προγραμμάτων για τη χρηματοδότηση δράσεων προστασίας, αναβάθμισης και αποκατάστασης του περιβάλλοντος (άρθρο 5 πργ 4). Για το σκοπό αυτό, το Πράσινο Ταμείο διαμορφώνει Προγράμματα για τη χρηματοδότηση μέτρων και δράσεων προστασίας, αναβάθμισης και αποκατάστασης του περιβάλλοντος (άρθρο 5, πργ 2 εδ. β.).
Η δομή των Προγραμμάτων Χρηματοδότησης περιλαμβάνει ενδεικτικά:
(α) Άξονες προτεραιότητας που εξειδικεύουν την εθνική περιβαλλοντική στρατηγική,
(β) Μέτρα τα οποία εξειδικεύουν τους άξονες προτεραιότητας
(γ) Δράσεις που εξειδικεύουν τα μέτρα και στις οποίες εντάσσονται οι πράξεις / έργα που υλοποιούν οι δικαιούχοι.
Στο Χρηματοδοτικό Πρόγραμμα προσδιορίζονται οι Τελικοί Δικαιούχοι χρηματοδότησης, οι οποίοι δύνανται να είναι το ΥΠΕΚΑ, άλλα υπουργεία, αποκεντρωμένες γενικές διοικήσεις, οργανισμοί τοπικής αυτοδιοίκησης κ.α. Τα προγράμματα εγκρίνονται με αποφάσεις του Υπουργού ΥΠΕΚΑ, ύστερα από εισήγηση του ΔΣ του Πράσινου Ταμείου. Για την επιλογή και ένταξη πράξεων/έργων στα προγράμματα, υπάρχουν κατηγορίες κριτηρίων αξιολόγησης και επιλογής όπως, μεταξύ άλλων, η επιλεξιμότητα, ωριμότητα, πληρότητα, σκοπιμότητα και διαχειριστική ικανότητα του φορέα υλοποίησης.